Door de geulen van de Waddenzee en het Eems-Dollard estuarium varen vrachtschepen, veerboten, vissersboten, andere bedrijfsvaartuigen en pleziervaartuigen. Het Ministerie van Verkeer en Waterstaat is verantwoordelijk voor een goed beheer van de vaarwegen en de scheepvaart. De belangrijkste scheepvaartroutes gaan in de richting van de havens van Harlingen en Delfzijl, hierbij gaat het vooral om het vervoer van goederen. Passagiers worden vooral vervoerd van en naar de eilanden.

Elke scheepvaartbeweging door de Waddenzee wordt geregistreerd. Dat gebeurt met het IVS90-systeem, dat in 2005 op de hele Waddenzee werd ingevoerd. Dit systeem wordt ook gebruikt voor de registratie van scheepvaart op de Nederlandse binnenwateren.

Vaarwegmarkering
De Waddenzee is een gebied dat voortdurend in beweging is. Hierdoor kunnen vaarwateren en -geulen verlopen. Daarom moet de markering regelmatig mee verlegd worden. De Verkeerscentrale Brandaris en de Zeeverkeerspost Schiermonnikoog zijn op de hoogte van alle markeringsveranderingen op de Waddenzee. 

Rijkswaterstaat wil de verkeersbegeleiding voor de gehele Waddenzee in één nieuwe Zeeverkeerscentrale Waddenzee onderbrengen. De centrale wordt gehuisvest in de zeevaartschool Willem Barentsz op Terschelling.

Zeeverkeerscentrale
In 2005 nam Rijkswaterstaat het besluit om de Zeeverkeerscentrale Waddenzee te huisvesten in de huidige zeevaartschool. De verwachting is dat de bouw medio 2009 van start gaat en dat de werkzaamheden in 2010 gereed zijn.

Vaargeulen op diepte
Een veilige en vlotte vaart is heel belangrijk voor de economie, recreatie en veiligheid. Rijkswaterstaat houdt de vaargeulen daarom constant op diepte. Ook het onderhoud van de aanlegplaatsen voor de veerboten en het markeren van de vaarwegen met boeien is in handen van Rijkswaterstaat.

Voor cijfers over het goederenvervoer naar de havens van Harlingen en Delfzijl en vaargeulonderhoud zie Feiten en Figuren

4 juni 2009 - Rijkswaterstaat heeft de opdracht voor de nieuwe Zeeverkeerscentrale gegund aan de Zeeuwse Radar Combinatie. Op 13 mei 2009 ondertekenden Rijkswaterstaat en de Zeeuwse Radar Combinatie (een samenwerkingsverband van Istimewa Elektro en Sofrelog) op Terschelling het contract voor de bouw van de nieuwe Zeeverkeerscentrale Waddenzee. Daarmee is het project een volgende fase ingegaan. ZRC start in 2009 met het ontwerp en de bouw. De ontwerp- en bouwfase gaan ongeveer anderhalf jaar duren en de oplevering staat gepland in het najaar van  2010. Met de bouw en tien jaar onderhoud is een bedrag van circa 14 miljoen euro gemoeid.

ZRC gaat het contract integraal uitvoeren. Dat betekent onder andere het inrichten van een nieuwe verkeerscentrale in het Maritiem Instituut Willem Barentsz op Terschelling, het bouwen van vier extra radarposten en het installeren van diverse camera's die kunnen draaien en inzoomen.

Behalve extra radarposten komen er in het waddengebied cameraopstellingen. Deze camera?' geven straks in de nieuwe verkeerscentrale beelden van de vaarwegen op het wad. De telecamera's zijn vervangers van de verrekijkers.
De camera's komen op de volgende locaties (1 telecamera = 180 graden zicht):

    * Texel (1 telecamera)
    * Vlieland (1 telecamera)
    * Terschelling (360 graden overzicht plus 2 telecamera's)
    * Ameland (2 telecamera's)
    * Schiermonnikoog (320 graden overzicht plus 2 telecamera's)
    * Harlingen (1 telecamera)

Bron: Rijkswaterstaat