De visserij is een belangrijke economische activiteit op de Waddenzee. Het gaat daarbij vooral om het vissen op kokkels, mossels, mosselzaad en garnalen. De visserij op paling, harder, rond- en platvis is economisch minder belangrijk. De kokkel- en mosselvisserij op de Waddenzee valt onder de bodemvisserij. Kokkels zijn kleine schelpdieren. Vooral in Spanje en Portugal eet men graag gekookte kokkels. Het oogsten van kokkels en mosselzaad en het vissen op platvis met sleepnetten en wekkerkettingen brengt schade toe aan het leven op de bodem van de zee. Een kwart van de wadplaten is daarom verboden terrein voor de bodemvisserij. Op deze platen groeien kwetsbare kokkel- en mosselbanken en zeegras. Over de effecten van de garnalenvisserij op de natuur is niet veel bekend. In sommige jaren zijn er te weinig schelpdieren om als voedsel te dienen voor vogels. Als de Waddenzee in minder dan zestig procent van de voedselbehoefte kan voorzien van vogels die schelpdieren eten, mag niet op schelpdieren worden gevist. Dan gaan vogels voor. De regeling voor mossels gaat in als er minder dan 2,9 miljoen kg mosselvlees op de wadplaten is. De kokkelvangst wordt gestaakt bij minder dan 8,5 miljoen kg kokkelvlees. In erg voedselarme jaren betekent dit een volledig verbod voor de visserij op droogvallende platen. In andere jaren moeten de vissers zich aan quota houden. Bij de kokkelvisserij is gekozen voor een gezamenlijke quotering voor alle vergunninghouders. Het bedrijfsleven zorgt zelf voor de controle. Met de hand mogen mensen maximaal tien kilo schelpdieren per persoon per dag rapen. Voor het vangen van garnalen zijn geen beperkingen. Maar het aantal vergunningen voor de garnalenvisserij wordt niet uitgebreid. Bij fuiken is een keerwant verplicht, zodat zeehonden en vogels die per ongeluk in de fuiken terechtkomen nog kunnen ontsnappen.